| マツバラン綱 Psilotopsida | マツバラン目 Psilotales | マツバラン科 Psilotaceae | イヌナンカクラン科 | ||
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ヒカゲノカズラ綱 Lycopsida | ヒカゲノカズラ目Lycopodiales | ヒカゲノカズラ科 Lycopodiaceae | |||
| イワヒバ目 Selaginellales | イワヒバ科 Selaginellaceae | ||||
| ミズニラ目 Isoetales | ミズニラ科 Isoetaceae | ||||
| トクサ綱 Sphenopsida | トクサ目 Equisetales | トクサ科 Equisetaceae | |||
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シダ綱 Pteropsida | 真嚢シダ亜綱 |
ハナヤスリ目 Ophioglossales | ハナヤスリ科 Ophioglossaaceae | ハナワラビ科 Ophioglossaceae | ミヤコジマハナワラビ科 |
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リュウビンタイ目 Marattiales | リュウビンタイ科 Marattiaceae | ||||
| 薄嚢シダ亜綱 |
シダ目 Filicales | フサシダ科 Schzaeaceae | ゼンマイ科 Osmundaceae | ヘゴ科 Cyatheaceae | |
| ワラビ科 Pteridaceae | シシガシラ科 Blechnaceae | ウラジロ科 Gleicheniaceae | |||
| オシダ科 Aspidiaceae | ロクソマ科 | ヒメフィロプシス科 | |||
| チャセンシダ科 Aspleniaceae | ミズワラビ科 Parkeriaceae | ||||
| ウラボシ科 Polypodiaceae | マトニア科 | ||||
| ヒメウラボシ科 Grammitidaceae | スジヒトツバ科 | ||||
| シノブ科Davalliaceae | コケシノブ科 Hymenophyllaceae | ヤブレガサウラボシ科 | |||
| タカワラビ科 Dicksoniaceae | シシラン科 Vittariaceae | ||||
| ツルキジノオ科 Lomariopsidaceae | キジノオシダ科 Plgiogyriaceae | ||||
| （水生シダ亜綱） | デンジソウ目 Marsileales | デンジソウ科 Marsileaceae | |||
| サンショウモ目 Salviniales | サンショウモ科 Salviniaceae | アカウキクサ科 Azollaceae | |||
| 前裸子綱 | |||||
(化石) | ボトリオプテリス科 † |