系 | 宗派（総称） | （単称） | 本山 | 掲載寺 | 備考 |
奈良仏教系 | ・ | 唐招提寺 | 唐招提寺 | ・ |
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・ | 東大寺 | 東大寺 ・ 新薬師寺 | ・ |
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・ | 興福寺・薬師寺 | 興福寺 ・ 薬師寺 | ・ |
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・ | 法隆寺 | 法隆寺 ・ 中宮寺 | 1950法相宗から独立 |
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・ | 清水寺 | 清水寺 | 1965法相宗から独立 |
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・ | 西大寺 | 元興寺（極楽坊） ・ 浄瑠璃寺 ・ 59国分寺（金光山） | 1895真言宗から独立 |
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平安仏教系 | 延暦寺 | 延暦寺 ・ 橘寺 ・ 愛宕念仏寺 ・ 二尊院 ・ 中尊寺 ・ 立石寺 ・ 輪王寺 ・ 青岸渡寺 ・ 三仏寺 ・ 87長尾寺 | ・ |
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園城寺（三井寺） | 43明石寺 ・ 76金倉寺 | ・ |
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| 金峯山修験本宗 | 金峯山寺 | 金峯山寺 | ・ |
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浅草寺 | 浅草寺 | 1950天台宗から独立 |
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金剛峯寺 | 金剛峯寺 ・ 金剛三昧院 ・ 神護寺 ・ 1霊山寺 ・ 2極楽寺 ・ 3金泉寺 ・ 6安楽寺 ・ 7十楽寺 ・ 8熊谷寺 ・ 9法輪寺 ・ 10切幡寺 ・ 12焼山寺 ・ 14常楽寺 ・ 16観音寺（光耀山） ・ 18恩山寺 ・ 19立江寺 ・ 20鶴林寺 ・ 21太龍寺 ・ 22平等寺 ・ 23薬王寺（医王山） ・ 57栄福寺 ・ 58仙遊寺 ・ 62宝寿寺 ・ 65三角寺 ・ 70本山寺 | ・ |
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教王護国寺（東寺） | 教王護国寺（東寺） ・ 石山寺 ・ 4大日寺（黒巌山） | ・ |
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| 真言宗東寺派 | 正法寺 (京都市) | 63吉祥寺 | ・ |
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仁和寺 | 仁和寺 ・ 広隆寺 ・ 備中国分寺 ・ 5地蔵寺 ・ 41龍光寺 ・ 42佛木寺 ・ 60横峰寺 ・ 61香園寺 ・ 66雲辺寺 ・ 73出釈迦寺 ・ 79天皇寺（高照院） ・ 80國分寺（白牛山） ・ 81白峯寺 ・ 83一宮寺 ・ 84屋島寺 | ・ |
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善通寺 | 75善通寺 ・ 17井戸寺 ・ 67大興寺（小松尾寺） ・ 71弥谷寺 ・ 72曼荼羅寺 ・ 74甲山寺 ・ 86志度寺 | ・ |
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大覚寺 | 祇王寺 ・ 13大日寺（大栗山） ・ 40観自在寺 ・ 68神恵院（琴弾八幡） ・ 69観音寺（七宝山） ・ 85八栗寺 ・ 88大窪寺 | ・ |
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醍醐寺 | 醍醐寺 ・ 47八坂寺 ・ 55南光坊 ・ 56泰山寺 ・ 77道隆寺 | ・ |
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| 真言宗石鉄派 | 前神寺 | 64前神寺 | ・ |
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新義真言宗 | 根来寺 | ・ | ・ |
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| 真言宗室生寺派 | 室生寺 | 室生寺 | ・ |
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| 真言宗豊山派 | 長谷寺（奈良県） | 24最御崎寺（東寺） ・ 25津照寺（津寺） ・ 26金剛頂寺（西寺） ・ 27神峯寺 ・ 30善楽寺 ・ 32禅師峰寺 ・ 34種間寺 ・ 35清瀧寺 ・ 36清龍寺 ・ 38金剛福寺 ・ 44大寶寺 ・ 45岩屋寺 ・ 46浄瑠璃寺 ・ 48西林寺 ・ 49浄土寺 ・ 50繁多寺 ・ 51石手寺 ・ 54延命寺 | ・ |
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| 真言宗智山派 | 智積院 | 智積院 ・ 海住山寺 ・ 28大日寺（法界山） ・ 29国分寺（摩尼山） ・ 31竹林寺 ・ 37岩本寺 ・ 39延光寺 ・ 52太山寺 ・ 53圓明寺 | ・ |
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浄土系 | 知恩院 | 化野念仏寺 ・ 高徳院 | ・ |
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西本願寺 | 西本願寺 | ・ |
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真宗大谷派 | 東本願寺 | ・ | ・ |
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| 浄土真宗東本願寺派 | 東本願寺（東京） | 東本願寺 | 1981真宗大谷派から独立 | ||
融通念仏宗 | ・ | 大念仏寺 | ・ | ・ |
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・ | 清浄光寺（遊行寺） | 78郷照寺 | ・ |
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禅系 | 臨済宗建仁寺派 | 建仁寺 | 高台寺 ・ 法観寺 | ・ |
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円覚寺 | 円覚寺 |
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妙心寺 | 龍安寺 ・ 瑞巌寺 ・ 11藤井寺 ・ 33雪蹊寺 | ・ |
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天龍寺 | 天龍寺 ・ 西芳寺 | ・ |
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相国寺 | 鹿苑寺 ・ 慈照寺 | ・ |
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・ | 永平寺・総持寺 | 安楽寺（長野県） ・ 瑞龍寺 ・ 天寧寺（広島県） ・ 15国分寺（薬王山） | ・ |
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黄檗宗 | ・ | ・ | ・ | ・ |
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法華系 | 池上本門寺 | 常寂光寺 ・ 久遠寺 | ・ |
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光長寺・鷲山寺・ 本能寺・本興寺 | 真源寺 | ・ |
平等院(天台宗・浄土宗) ・ 善光寺(天台宗・浄土宗) ・ 高山寺（真言系） ・ 82根香寺（天台系） |